Özkök’e 2009 yılında Fethullah Gülen hakkında yazdığı bir köşe yazısı soruldu. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı’nın hakkında yakalama kararı çıkarttığı Fethullah Gülen, 6 Nisan 2009’da sohbetlerinin yayınlandığı herkul.org'taki mülakatında, “Dün olduğu gibi bundan sonra da, dışarıdan da beslenen bazı şer odakları en samimi müminleri ve hakiki Müslümanları terörist gibi göstererek irtica yaygarası koparabilirler” demişti. Ertuğrul Özkök 9 Nisan 2009’da yazdığı yazısında ‘Hoca bu konuyu niye açtı’ başlığı ile Gülen’in sözlerini köşesine taşımıştı. 14 Aralık soruşturmasının ardından İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Ertuğrul Özkök’ü tanık olarak ifadeye davet etti.

Özkök, dün İstanbul Adalet Sarayı’na giderek İstanbul Terör ve Örgütlü Suçlar Bürosu savcılarından İrfan Fidan’a yaklaşık 45 dakika ifade verdi. Özkök’e ifadesi sırasında, yazısında yer alan, “Merak edip, Hoca’ya çok yakın bir kişiye sordum” cümlesinde geçen hocaya yakın kişilerin kim olduğu soruldu. Gülen’in herkul.org'ta yer alan mülakatında kimi kast ettiğini bir gazeteci olarak merak ettiğini anlatan Özkök, o dönemde arayıp görüştüğü kişinin kim olduğunu ise hatırlamadığını söyledi. Tahşiye kelimesini bilip bilmediği de sorulan Özkök, 14 Aralık operasyonuna kadar bu kelimeyi duymadığını belirtti.