Ahmet Altan, İpek Koza Holding’e yapılan operasyonun ardından 2 Eylül’de, Samanyolu Haber kanalında bir programa katıldı. Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan ve AKP’yi eleştiren Altan, Erdoğan’ın anayasayı çiğnediğini savundu. Altan’ın konuşması, hükümete yakın medyada "Altan canlı yayında Erdoğan’ı tehdit etti" ve "Erdoğan’a küstah tehdit" başlıklarıyla haber yapıldı.

İddiaya göre, Erdoğan’ın avukatlarının şikâyeti üzerine harekete geçen Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı, Altan hakkında "Cumhurbaşkanı’na, hükümete, kamu görevlilerine hakaret ve halkı kin ve düşmanlığa sevk etmek" iddiasıyla soruşturma başlattı.