Halk Sağlığı Müdürlüğü tarafından yüzme amaçlı kullanılan havuzlarda yapılan denetimlerde temizlik ve hijyenik kurallarına uyan havuzlara "Temiz Havuz Sertifikası" düzenleniyor. Her yıl yenilenen sertifika alacak havuzlarda Halk Sağlığı Müdürlüğü ekipleri tarafından düzenli olarak kontrol edilirken, doğabilecek hastalıkların oluşumunu engellenmesi amaçlanıyor. Denetimlerde elde edilen verilen Bakanlık CBS (Coğrafi Bilgi Sistemi)'ne girilerek uygun olmayan havuz işletmelerine faaliyet durdurma ve idari para cezaları uygulanıyor.

Muğla sınırlarında faaliyet gösteren yüzme amacıyla kullanılan açık ve kapalı yüzme havuzlarının hijyenik şartlara uygunluğu, yüzme havuzu suyunun kalite standartlarının belirlenmesi, denetlenmesi ve izlenmesi ile ilgili Halk Sağlığı Müdürlüğü tarafından 2015 yılında yapılan denetimler ve havuz suyu analizlerinin değerlendirilmesi sonucunda toplam 209 işletmeye "Temiz Havuz" sertifikası verildi.

2016 yılında Halk Sağlığı Müdürlüğünce yapılan denetimlerde "Temiz Havuz" sertifikası alacak havuzların bulunduğu ilçeler arasında Marmaris 98 havuz ile ilk sırada yer aldı. Marmaris'i 45 havuz ile Bodrum ve sırası ile Ula 22, Datça 16, Ortaca 12, Fethiye 5,Dalaman ve Seydikemer 3, Milas 2 ve Menteşe'de bir havuz. Kavaklıdere ve Yatağan ilçelerinde ise havuz bulunmuyor.